《炎龙骑士团风之紋章》故事发生在炎龙骑士团Ⅱ之后，英雄索尔结束了天空之旅后，带着对悠妮的思念返回了罗特帝亚，继承了其父亲的王位，恢复了马拉大陆的和平。另一股邪恶的势力经过18年的酝酿再度兴起，借着宗教的名义驱使教徒在大陆各处煽风点火，还将它的魔掌逐渐伸向罗特蒂亚，并在索尔离开皇城之时发难。