《樱花大战2》的故事紧接一代，沉浸在一片和平之中的帝都，被新的不祥阴影所笼罩。从南美参加演习归来的主人公大神一郎，再度受命担任帝国华击团，花组队长。这次补充了两名新队员的花组所要面对的敌人是以鬼王为首的“黑鬼会”。而在与黑鬼会的频繁战斗中，一个事关帝都安危的大阴谋渐露端倪…… 樱花大战原班人马再度集结缔造游戏史上永恒经典！乘坐新·空中战舰三笠的花组突入武藏内部，以二刀二剑仪式封印了降魔，鬼王（复活的真宫寺一马）也摆脱了京极的控制，用自己的身体保护了女儿。最终，魔操机兵·新皇和京极被消灭，帝都又恢复了和平。而大神则再次离开花组，以海军留学生身份远赴巴黎留学……