《遥远时空2》这是于前作结束100年后的故事主角是一位高中一年生，一天放学回家时，突然被一团光包围着，然后就带到称为「京」的异世界去了。那时候的京，正分为帝和院（前任的帝）两股势力，就连贵族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨虽是被龙神挑选出来的龙神之神子，负上拯救京的责任，但为了守护神子而被选出来的八叶，却并不认同花梨是神子，而且八人之间亦因为分裂成两个政治党派而彼此不和。