《shuffle》在这个匪夷所思的世界里有神.魔.人三个种族，他们一直和睦相处，一个是神王的独生女，擅长家庭事务，运动特别好，一个是魔王的独生女，饱读诗书，有着天使般的歌声，两位少女追寻着幼年时的邂逅，来到了人间，故事发生在一所名为国立巴贝那学园的高中，普通高中生土见稟和小时候就一起的青梅竹马女孩枫过着快乐安详的生活。可是由于10年前的一场巨大变化，神.人.魔三界的通道被打开，神界和魔界的居民开始在人界自由同行，三界的种族开始共同生活在一个社会里，随着时间的推移，许多人也慢慢习惯了。某日，来自神界和魔界的两位美少女转校到巴贝那学园，她们为了寻找儿时的邂逅决定留在人间。从此稟的生活开始发生某种仿佛注定了的变化。