《三国群英传Ⅱ》共设城市和城寨60余座，但并不需要占领所有的城市，而是象一代一样以消灭所有其它国家的君主为最终目的。而对于文官的设定和对武将属性的补充使《三国群英传Ⅱ》与前作有很大差异。每个军团均须设军师一名，在作战时可以采用不同策略；加入了忠诚度、士气值和疲劳度等补充属性；武将和军师获得的武将技和军师技将均不相同，等级的提高也因人而异；每个武将所能装备的物品也增加到三种，随着装备的武器和马匹的不同，战场上武将的图像也将会随之改变；除了兵种、地形和阵形的增加外，武将的必杀技也增至110种，另外增加军师技67种；在战斗时出现突袭和包围的指令变化，且武将所带兵数增至200人；作战后增加招降模式，取消了前作中俘虏的设定；城市内可以驻扎的武将数将随城市等级的改变而改变。这些变化摆脱了少数游戏的续集旧瓶装新酒的现象。