《倩女幽魂之鬼寺》的故事背景是取材于清朝时代蒲松龄《聊斋志异》故事集中的《小倩》一章。游戏采用2d背景，3d人物的画面呈现，以类似《生化危机》的自动转换镜头，玩家见到不同角度的物体实况。年轻侠客燕赤霞学道初成，奉师傅赤松子之命下山去潮海镇除妖。在潮海镇外，遇到被老和尚慧澄追杀的书生宁采臣和女鬼小倩。慧澄坚持要杀掉小倩和宁采臣，因为他认为，无论是女鬼，还是与女鬼相恋的人类都是敌人。而燕赤霞听了宁采臣的陈述后，为他们之间的真情所感动，认为他们罪不至死，因而和慧澄起了冲突。燕赤霞从宁采臣口中得知潮海镇外妖魅横行，是因为小镇西20里外的兰若寺中盘据着，就是这个横行霸道的千年树妖姥姥。宁采臣恳求燕赤霞将小倩从树妖的手中救出来，燕赤霞慨然应允，于是无尽的战斗、层层的谜题便由此展开。