《莫比斯:帝国崛起》的主人公malachi rector是一位古文明史专家，他拥有过目不忘的记忆力和将人物和线索转化为交互式谜题的能力。当一个秘密政府机构支持他去调查威尼斯的一位被谋杀的女性，已确认她是否与一个特定的历史人物很相像。这时他脑子里充满疑惑，为什么美国政府会雇佣他，有关一个非常古老的交易，去调查一个外国的谋杀案？为什么在旅途当中遇见了前特种部队特工david walker？为什么每次malachi的保镖不在身边时，总有人想要刺杀他？