《质量效应:仙女座》游戏故事发生在仙女座星系的赫利俄斯星群，无论从时间上还是空间上，都与《质量效应》的“指挥官谢帕德”三部曲及其结局相距甚远。玩家扮演被称为“探路者”的探险家，为了寻找人类的新家而进行远征。在求生存的殖民过程中，将会遭遇“狂野的领域”、“冷血的暴徒”以及“好战的外星种族”。玩家将会探索上百个太阳系（《质量效应3》的4倍以上），收集资源，强化飞船、船员和武器，进行外交活动来建立殖民地，发现遗民背后隐藏的秘密，抢先夺得他们的技术。