《狼少女辛希雅》无数的国家林立在这块大陆上。一天，属于某个国家空军的主角，接到一份击坠入侵领空的飞机的命令。然而，那台进犯领空的飞机乃是民用机，主角向本部报告了「对方是民用机」，本部却没有撤回击坠命令，主角遵命行动了。没想到，「击坠民用机」的旧事透过传媒惹起轩然大波，军队的姿态急忙改变，将责任全转移到主角身上，流放主角离开了军队。之后几年
在坠机中活下来的少女被发现了。在这几年的工夫里，少女仿佛是被野生动物给抚养长大的，眼前的形状，不存有人性。了解到这个真想的主角，向担任诊治少女的医师朋友委托，为了本人的悔恨与引咎。指望可以帮助她往后的社会复归。