『洛克人Ｘ６』的故事發生在『洛克人Ｘ５』之後， 在艾克斯(x) 與傑洛(zero)的聯手下，成功的阻止西格瑪軍團企圖利用殖民衛星 衝撞地球的毀滅危機，不過傑洛也因此受到嚴重損傷。但是事情並沒有這樣就結束，一種神秘的電腦病毒「zero」肆虐，導致 地球上的機器人集體發狂攻擊人類，而這一切似乎與艾薩克（issac) 博士進行的「夢魔計畫」(nightmare) 有關. . . 為了阻止艾薩克博士的瘋狂計畫，與探查「夢魔」的真相為何，艾克斯再度展開了「洛克人Ｘ６」任務行動。