《龙刻》的故事背景为现代。主角水内司是个就读皆森高中的高中生。身为剑道社主将的他，与青梅竹马笠木爱娜一同为即将到来的剑道大会而努力练习着。但近来时常作的那个怪梦，却让他感到困惑不已。就在这时候，突然出现了一名叫「水乃内美流」的神秘转学生，于是平静的日子便慢慢地开始发生了变化。